Τα εγκαίνια του αποκατεστημένου κτηρίου και της επανέκθεσης του Αρχαιολογικού Μουσείου πραγματοποιήθηκαν στη Σαμοθράκη.
Το νησί στο βορειοανατολικό Αιγαίο προσέλκυσε το ενδιαφέρον αρχαιολόγων και ερευνητών, λόγω της ιστορικής και αρχαιολογικής σημασίας του Ιερού των Μεγάλων Θεών. Το Μουσείο, που σχεδιάστηκε από τον Αμερικανό St. Shaw, στο πλαίσιο των αρχαιολογικών ερευνών των μελών της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών, στην Ελλάδα, εγκαινιάστηκε το 1955 από τον Γεώργιο Ράλλη, και ήταν το πρώτο αρχαιολογικό Μουσείο στη Θράκη. Μετά από σχεδόν εξήντα χρόνια αδιάλειπτης λειτουργίας, το 2013, η αποκατάσταση και η επέκταση του κτηρίου εντάχθηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Ανατολικής Μακεδονίας Θράκης του ΕΣΠΑ 2007-2013, ενώ η επανέκθεση του χρηματοδοτήθηκε από το ίδιο πρόγραμμα στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2014-2020.
Ο Κυριακός Αγκωνίτης επισκέπτεται το Ιερό των Μεγάλων Θεών, τον Οκτώβριο του 1444 διασώζοντας στο οδοιπορικό του πολύτιμες μαρτυρίες. Από το 1863, που ο Γάλλος υποπρόξενος ανακάλυψε το περίφημο άγαλμα της Νίκης, το οποίο μετέφερε στο Παρίσι, γαλλο-τσεχοσλοβακικές δραστηριοποιήθηκαν στη Σαμοθράκη αρχαιολογικές αποστολές και ακολούθως αμερικανικές επιστημονικές ομάδες -από το Ινστιτούτο Καλών Τεχνών της Νέας Υόρκης. Το ελληνικό κράτος ανέλαβε, από τα μέσα της δεκαετίας του 1950, την προστασία, και τη συντήρηση των μνημείων και των αρχαιολογικών χώρων του νησιού.
Πραγματοποιήθηκε εξάλλου και αυτοψία στον μεσαιωνικό Πύργο του Φονιά, αμυντικό έργο του 15ου αι., στο ανατολικό άκρο της βόρειας παραλίας της Σαμοθράκης, στις ανατολικές εκβολές, του ποταμού Φονιά. Η στερέωση, η αποκατάσταση του Πύργου και η διαμόρφωση του περιβάλλοντος χώρου του, είναι έργο σε εξέλιξη, με προϋπολογισμό 1.500.000 ευρώ, από πόρους του Ταμείου Ανάκαμψης.
