Έπειτα από την απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου του Δήμου Παύλου Μελά για την παραχώρηση -κατά χρήση- στο Υπουργείο Πολιτισμού των Κτιρίων Δ και Β4 εντός του π. Στρατοπέδου Παύλου Μελά, προκειμένου να ιδρυθεί το Μουσείο Προσφυγικού Ελληνισμού, και την έγκριση της μουσειολογικής/μουσειογραφικής μελέτης εφαρμογής της μόνιμης έκθεσής του, το Υπουργείο Πολιτισμού προχωρεί τις διαδικασίες για την ένταξη του έργου στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Κεντρική Μακεδονία» του ΕΣΠΑ 2021-2027.
Η κεντρική μουσειολογική ιδέα της έκθεσης αναλύει το προσφυγικό ζήτημα από τα χρόνια πριν τη Μικρασιατική Καταστροφή έως σήμερα, υπό το πρίσμα της έννοιας του «ανήκειν» σε έναν τόπο και της έννοιας της πατρίδας και του πώς αυτές οι έννοιες επηρεάζονται και διαμορφώνονται από τις ιστορικές και κοινωνικοπολιτικές συνθήκες της εποχής. Στο πλαίσιο αυτό διαμορφώνονται δύο «τόποι» που αντιπροσωπεύουν το «εδώ» και το «εκεί» των προσφύγων: Από τη μια οι γειτονιές τους στην Ανατολή και από την άλλη οι συνοικίες της Θεσσαλονίκης. Η υλοποίηση της κεντρικής μουσειολογικής ιδέας επιτυγχάνεται μέσω της κατάλληλης χρήσης και συνδυασμού των αντικειμένων και του εποπτικού υλικού. Η επιλογή του εκθεσιακού υλικού πραγματοποιήθηκε με κύριο μέλημα την ανάκληση των αναμνήσεων μέσα από ένα ταξίδι από το «εκεί» στο «εδώ». Οι αναμνήσεις ξυπνούν μέσα από κείμενα, σκίτσα, σχέδια, φωτογραφίες, καρτ ποστάλ, χάρτες, προβολές, ψηφιακές εφαρμογές, ηχητικές εφαρμογές και αντικείμενα.
Η μόνιμη έκθεση του Μουσείου, χωρισμένη σε δύο διακριτά τμήματα, διερευνά και παρουσιάζει την ιστορία των ελληνικών προσφυγικών πληθυσμών που εγκαταστάθηκαν στη Θεσσαλονίκη. Το πρώτο τμήμα της έκθεσης στο κτήριο Β4, έχει τίτλο «Από τις γειτονιές της Μικρασίας, στις συνοικίες της Θεσσαλονίκης». Το δεύτερο τμήμα της έκθεσης με τίτλο «Μυρωδιά, Μελωδία, Μνήμη» αναπτύσσεται χωρικά στο μικρό γειτονικό κτήριο Δ. Τα δύο τμήματα της έκθεσης αποτελούν μία ολότητα του ίδιου Μουσείου. Πυρήνας της έκθεσης αποτελεί η συλλογή αντικειμένων και κειμηλίων της Ιεράς Μητροπόλεως Νεαπόλεως και Σταυρουπόλεως. Συνολικά καταγράφηκαν, τεκμηριώθηκαν και ψηφιοποιήθηκαν 2.718 αντικείμενα από τα οποία τα 1.955 αντικείμενα καταχωρήθηκαν στο Ολοκληρωμένο Πληροφοριακό Σύστημα (ΟΠΣ) του Υπουργείου Πολιτισμού με σκοπό τον εμπλουτισμό των ψηφιακών συλλογών και κινητών μνημείων. Από αυτά τα 2.718 αντικείμενα, για την έκθεση στο κτήριο Β4 επιλέχθηκαν συνολικά 413 και για την έκθεση στο κτήριο Δ επιλέχθηκαν συνολικά 30.
Η πλειονότητα των αντικειμένων είναι από την Καππαδοκία και την ευρύτερη περιοχή του Πόντου, αλλά και από πάρα πολλές περιοχές της Μικράς Ασίας και της Ανατολικής Θράκης. Το φωτογραφικό υλικό της έκθεσης προέρχεται από τη συλλογή της Μητρόπολης Νεαπόλως και Σταυρουπόλεως, το Ιστορικό Αρχείο Προσφυγικού Ελληνισμού (ΙΑΠΕ) και το αρχείο του Μουσείου Φωτογραφίας «Χρήστος Καλεμκερής».
