Αναλυτικά, τα νοσοκομεία της χώρας που έχουν οριστεί ως νοσοκομεία αναφοράς ανά Υγειονομική Περιφέρεια, αλλά και τα νοσοκομεία που βρίσκονται σε ετοιμότητα ως αναπληρωματικά, είναι τα εξής:
1η ΥΠΕ:
Βασικό: ΓΝ Νοσημάτων Θώρακος Αθηνών «Η Σωτηρία»,
Αναπληρωματικό: ΓΝ Αθηνών «Ο Ευαγγελισμός».
2η ΥΠΕ:
Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ «Αττικόν»,
Αναπληρωματικό: ΓΝ Ελευσίνας «Θριάσιο».
3η και 4η ΥΠΕ:
Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Θεσσαλονίκης ΑΧΕΠΑ,
Αναπληρωματικά: Πανεπιστημιακό ΓΝ Αλεξανδρούπολης,
ΓΝ Πτολεμαΐδας «Μποδοσάκειο».
5η ΥΠΕ:
Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Λάρισας,
Αναπληρωματικό: ΓΝ Λαμίας.
6η ΥΠΕ:
Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Πατρών «Παναγιά η Βοήθεια»,
Αναπληρωματικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Ιωαννίνων.
7η ΥΠΕ:
Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Ηρακλείου,
Αναπληρωματικό: ΓΝ Χανίων «Ο Άγιος Γεώργιος».
Σε όλα τα νοσοκομεία αναφοράς υπάρχουν ειδικοί θάλαμοι μόνωσης, ενώ σε κάθε Υγειονομική Περιφέρεια υπάρχει τουλάχιστον ένα νοσοκομείο αναφοράς που διαθέτει θάλαμο αρνητικής πίεσης.
