Απόλυτη κυριαρχία της μετάλλαξης Όμικρον – Τα λύματα της Αττικής «μίλησαν»

Νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης μεταλλαγμένων στελεχών από το ΕΚΠΑ.

Must Read

Σε ποσοστό 87%, με σημαντική πολυμορφία, επικρατεί η μετάλλαξη Όμικρον (B.1.1.529 lineage) του κορωνοϊού στην Αττική, ενώ ταυτόχρονα, υπάρχει σημαντική μείωση των αντίστοιχων γενετικών δεικτών του στελέχους Δέλτα (B.1.617.2 lineage).

Αυτό έδειξε η ανάλυση μεταλλαγμένων στελεχών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων της Περιφερειακής Ενότητας Αττικής, που συλλέχθηκαν σε καθημερινή βάση κατά το διάστημα 27-12/2021 έως 1-1-2022 από το Κέντρο Επεξεργασίας Λυμάτων της Ψυττάλειας (ΚΕΛΨ).

Τα συγκεκριμένα δείγματα υπεβλήθησαν σε έλεγχο ειδικών μεταλλάξεων – γενετικών δεικτών (genetic markers) ολόκληρου του γονιδίου S (Spike) (>100 γενετικοί δείκτες) για τις παραλλαγές ειδικού ενδιαφέροντος (Variants οf Concern – VOC) και τις παραλλαγές υπό διερεύνηση (Variants οf Interest – VOI).

Όπως ανακοίνωσε το ΕΚΠΑ, διαπιστώθηκε η παρουσία ειδικών μεταλλάξεων (genetic markers) του γονιδίου S (Spike) της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529 lineage):

  • στο τμήμα “receptor-binding domain/RBD” σε ποσοστό 87% (γενετικοί δείκτες: G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S)
  • στο τμήμα “receptor-binding motif/RBM” σε ποσοστό 29% (γενετικοί δείκτες: S477N, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H)
  • εκτός των RBD/RBM τμημάτων σε ποσοστό 45% (γενετικοί δείκτες: T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F)

Ταυτόχρονα, διαπιστώθηκε, για πρώτη φορά, η παρουσία δύο στελεχών της μετάλλαξης Όμικρον, τα οποία φέρουν (συγχαρτογραφούνται) επιπλέον μεταλλάξεις και συγκεκριμένα:

  • η μετάλλαξη R346K (B.1.1.529+R346K), σε ποσοστό 27%, η οποία έχει αναφερθεί στην παραλλαγή Mu (B1.621)
  • η μετάλλαξη A701V (B.1.1.529+A701V), σε ποσοστό 5%, η οποία έχει αναφερθεί στην παραλλαγή Beta (B1.351)

Έτσι διαπιστώνεται η επικράτηση της μετάλλαξης Όμικρον στην Αττική (σε ποσοστό 87% από <40% πριν από 2 εβδομάδες) καθώς και η αντίστοιχη μείωση της παραλλαγής Δέλτα.

Παράλληλα, η αλληλούχηση του γονιδιώματος του ιού αναδεικνύει σημαντική μεταβλητότητα της ποσοστιαίας αναλογίας ειδικών μεταλλάξεων του γονιδίου S, που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη Spike, υπογραμμίζοντας τη διαφορετική σημασία και βαρύτητα αυτών στη συμπεριφορά του ιού, καθώς και στον αξιόπιστο και ειδικό προσδιορισμό του.

Η ανάλυση των δεδομένων της αλληλούχησης επόμενης γενιάς με την παραπάνω μέθοδο δείχνει επιπλέον ότι εκτός της μεταβλητότητας υπάρχουν και αρκετοί συνδυασμοί των διαφορετικών μεταλλάξεων του ιού, που πιθανόν να επικρατούν κάθε φορά με διαφορετική κλινική συμπεριφορά, γεγονός που απαιτεί επαγρύπνηση και πιστή εφαρμογή των μέτρων προστασίας.

Νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης μεταλλαγμένων στελεχών

Στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ), μέσω της συνεργασίας Ερευνητικών Μονάδων των Τμημάτων Βιολογίας, Ιατρικής και Χημείας, στο πλαίσιο έρευνας με επιστημονικό υπεύθυνο τον Καθηγητή Ανδρέα Σκορίλα και διεπιστημονική ομάδα του ΕΚΠΑ που αποτελείται από τους Νικόλαο Θωμαΐδη, Μαργαρίτη Αυγέρη, Αθηνά Μάρκου, Εύη Λιανίδου, Δημήτριο Γουργιώτη, Θεοδώρα Ψαλτοπούλου, Παναγιώτη Αδαμόπουλο, Μάριο Διαμαντόπουλο, Λάμπρο Δημητρακόπουλο, Κατερίνα Γαλάνη, Μάριο Κωστάκη, Κατερίνα Κοντού, Βασίλη Καπέ, Νικόλαο Βούλγαρη και Θάνο Δημόπουλο (Πρύτανης ΕΚΠΑ) , έχει αναπτυχθεί νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης και ποσοτικού προσδιορισμού των μεταλλαγμένων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων με χρήση μιας σειράς μοριακών μεθόδων και αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).

Η συγκεκριμένη υπερευαίσθητη μεθοδολογία είναι ιδιαίτερα σημαντική διότι δείχνει την παρουσία και την εκατοστιαία αναλογία των μεταλλαγμένων στελεχών στο σύνολο του πληθυσμού μιας πόλης. Επιπλέον, ανιχνεύει έγκαιρα, ακόμη και από 50ml λύματος ή οποιουδήποτε περιβαλλοντικού δείγματος, νέες μεταλλάξεις και στελέχη/παραλλαγές που μόλις άρχισαν να εισέρχονται στον πληθυσμό. Με τον τρόπο αυτό γίνεται με μεγαλύτερη ευκολία και αξιοπιστία η γονιδιωματική επιτήρηση των νέων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2, καθώς και άλλων ιών ή βακτηρίων, δίνοντας την αναγκαία πληροφόρηση για την επιδημιολογική επιτήρηση καθώς και τον ανασχεδιασμό των νέων εμβολίων και φαρμακευτικών πρωτοκόλλων. Το σχετικό άρθρο δημοσιεύτηκε στο έγκριτο διεθνές επιστημονικό περιοδικό “International Journal of Molecular Sciences”, ενώ έχει κατατεθεί από το ΕΚΠΑ αίτηση για χορήγηση Εθνικού και Διεθνών Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας.

Η μεθοδολογία πληροί τις προϋποθέσεις τής από 15-3-2021 σχετικής σύστασης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την κοινή προσέγγιση κατά τη δημιουργία συστηματικής επιτήρησης του SARS-CoV-2 και των παραλλαγών του στα λύματα. Επιπροσθέτως, ανιχνεύει εγκαίρως νέα στελέχη/παραλλαγές που αρχίζουν να εισέρχονται στην κοινότητα.

Ακολουθήστε το newsbreak.gr στο Google News και μάθετε πρώτοι όλες τις τελευταίες & σημαντικές ειδήσεις.

Ακολουθήστε το newsbreak.gr στο κανάλι μας στο YouTube για να είστε πάντα ενημερωμένοι.

Δείτε όλες τις τελευταίες Ειδήσεις από την Ελλάδα και τον Κόσμο, στο newsbreak.gr

Κάθε σχόλιο δημοσιεύεται αυτόματα. Ο καθένας έχει το δικαίωμα να εκφράζει ελεύθερα τις απόψεις του. Ωστόσο, αυτό δε σημαίνει ότι υιοθετούμε τις απόψεις αυτές και διατηρούμε το δικαίωμα να αφαιρέσουμε συκοφαντικά ή υβριστικά σχόλια όπου τα εντοπίζουμε. Σε κάθε περίπτωση ο καθένας φέρει την ευθύνη των όσων γράφει και το newsbreak.gr ουδεμία νομική ή άλλη ευθύνη φέρει.

ΠΡΟΣΘΗΚΗ ΣΧΟΛΙΟΥ

εισάγετε το σχόλιό σας!
Πληκτρολογήστε το όνομα σας

 
ΠΑΡΑΠΟΛΙΤΙΚΑ

Υπουργός αναπαράγει μαϊμού δημοσίευμα για ρωσικά bots προσβάλλοντας τη μνήμη των θυμάτων των Τεμπών

Η υπόθεση με τα υποτιθέμενα «ρωσικά bots» που, σύμφωνα με την κυβέρνηση, όπλισαν τον δημόσιο διάλογο πριν από τις μεγάλες...
ΠΑΡΑΠΟΛΙΤΙΚΑ

Σιωπή για την αποκάλυψη Μπουκώρου ότι το Μαξίμου γνώριζε τις συνομιλίες για τον ΟΠΕΚΕΠΕ 16 μήνες νωρίτερα!

Δεν τόλμησαν να διαψεύσουν τον βουλευτή της ΝΔ Χρήστο Μπουκώρο, ο οποίος κατήγγειλε ότι 16 μήνες πριν δημοσιοποιηθεί η δικογραφία...
ΠΑΡΑΠΟΛΙΤΙΚΑ

Τα carte postale της Πιερίας και ο Άκης

Η Πιερία φημίζεται για τις παραλίες της και για τα ονειρεμένα ηλιοβασιλέματά της. Αν βρεθείτε στο Κάστρο του Πλαταμώνα, θα...
ΠΟΛΙΤΙΚΗ

«Μπαλάκι» η ηλεκτρική διασύνδεση Κύπρου-Ελλάδας – Ο Χριστοδουλίδης «δείχνει» τον ΑΔΜΗΕ

Στον ΑΔΜΗΕ ρίχνει το βάρος για τις καθυστερήσεις στο έργο της ηλεκτρικής διασύνδεσης Κύπρου–Ελλάδας ο Πρόεδρος της Κυπριακής Δημοκρατίας Νίκος...
ΠΟΛΙΤΙΚΗ

Συνάντηση Μητσοτάκη – Ερντογάν μέσα στον Σεπτέμβριο, προανήγγειλε ο Γεραπετρίτης

Στο περιθώριο της Γενικής Συνέλευσης του ΟΗΕ στη Νέα Υόρκη αναμένεται η συνάντηση του Έλληνα πρωθυπουργού Κυριάκου Μητσοτάκη με τον...
ΔΗΜΟΣΚΟΠΗΣΕΙΣ

Δημοσκόπηση: Συμφωνείτε με την στρατηγική προσέγγιση Ελλάδος – Ισραήλ;

Τα τελευταία χρόνια οι σχέσεις Ελλάδος – Ισραήλ έχουν αναβαθμιστεί με αποτέλεσμα να υπάρχει εκτός από την γεωπολιτική ταύτιση σε...
ΕΛΛΑΔΑ

Από το παρελθόν του κομματοκρατικού διχασμού στο μέλλον των ενωμένων Ελλήνων

Οι Έλληνες αναγνωρίζουμε σήμερα ότι η Ελλάδα βρίσκεται σε μείζονα κρίση και ιστορικό αδιέξοδο. Σαφώς, απαρχή ήταν η διακυβέρνηση Κώστα...
ΕΛΛΑΔΑ

Μάχη για διασώστη του ΕΚΑΒ: Νοσηλεύεται στη ΜΕΘ μετά από τροχαίο – Έκκληση για αίμα

Την δική του μάχη για να κρατηθεί στην ζώη, δίνει ο διασώστης δικυκλιστής του ΕΚΑΒ Δημήτρης Μητρόπουλος που έπεσε θύμα...
ΕΛΛΑΔΑ

Βόλος: Ράγισαν και οι πέτρες στην κηδεία του 17χρονου Νίκου – Φίλοι του έκαναν πορεία με μηχανάκια

Στα λευκά ντύθηκε σήμερα ο Ιερός Ναός Αγίας Παρασκευής στον Βόλο, εκεί όπου τελέστηκε σε κλίμα οδύνης η κηδεία του...

Διαβάζονται τώρα