Η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας έκρινε ότι είναι σύμφωνη με την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), τον Γενικό Κανονισμό της Ευρωπαϊκής Ένωσης και το Σύνταγμα για την προστασία των προσωπικών δεδομένων, η διαδικασία απαλλαγής των μη Ορθόδοξων Χριστιανών μαθητών της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης από το μάθημα των Θρησκευτικών.
Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει γονείς μαθητών και η Ένωση Αθέων κατά της απόφασης του Υπουργείου Παιδείας του 2022, η οποία προέβλεπε ότι για την απαλλαγή των μη Ορθόδοξων Χριστιανών μαθητών από το μάθημα των Θρησκευτικών υποβάλλεται αίτηση στον διευθυντή του σχολείου η οποία συγκεκριμένα θα αναφέρει: «Λόγοι θρησκευτικής συνείδησης δεν επιτρέπουν τη συμμετοχή (μου ή του παιδιού μου) στο μάθημα των θρησκευτικών».
Η Ολομέλεια του ΣτΕ με τις υπ΄ αριθμ. 1534 και 1536/2023 αποφάσεις της (πρόεδρος η Ευαγγελία Νίκα και εισηγήτρια η σύμβουλος Επικρατείας Αικατερίνη Ρωξάνα) έκρινε ότι η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση δεν αντίκειται στις διατάξεις του Συντάγματος και της ΕΣΔΑ για τη θρησκευτική ελευθερία, «δεδομένου ότι η εν λόγω αίτηση γίνεται χάριν απαλλαγής από την επιβαλλόμενη από το Σύνταγμα και τον νόμο υποχρέωση παρακολούθησης του μαθήματος των Θρησκευτικών».
Ακόμη, το ΣτΕ έκρινε ότι η συλλογή και φύλαξη των αιτήσεων απαλλαγής από την παρακολούθηση του μαθήματος των θρησκευτικών από τον διευθυντή του σχολείου και η καταστροφή τους 3 μήνες μετά τη λήξη του σχολικού έτους, συνιστά μεν μη αυτοματοποιημένη επεξεργασία “ειδικών” δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα σχετικών με θρησκευτικές πεποιθήσεις, η οποία εμπίπτει στο πεδίο εφαρμογής του ΓΚΠΔ, αλλά η επεξεργασία όμως αυτή «δεν παραβιάζει την αρχή της αναλογικότητας/ελαχιστοποίησης των δεδομένων, διότι διασφαλίζει την απαλλαγή για λόγους θρησκευτικής συνείδησης σε εκείνους που προβάλλουν τη σχετική αξίωση (άρθρο 13 παρ. 1 Συντ., άρθρο 9 ΕΣΔΑ), στα πλαίσια της υποχρέωσης του κράτους για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης (16 παρ. 2 Συντ.) με σεβασμό στις θρησκευτικές και φιλοσοφικές πεποιθήσεις των γονέων (άρθρο 2 ΠΠΠ ΕΣΔΑ), περιορίζεται δε σε κατάλληλα, συναφή και αναγκαία για τους σκοπούς της επεξεργασίας δεδομένα, απαραίτητα για την οργάνωση της εκπαιδευτικής διαδικασίας και της σχολικής ζωής».
