Η Ελένη Μενεγάκη, έχει κάνει τρεις γάμους. Ο πρώτος έγινε το 1989, με τον επιχειρηματία Σταύρο Γαρδέρη, αλλά κράτησε μόλις έναν χρόνο. Ο δεύτερος, έγινε το 2001, με τον πρώην διευθυντή προγράμματος του ΑΝΤ1, Γιάννη Λάτσιο, με τον οποίο ξεκίνησαν τη σχέση τους το καλοκαίρι του 1997.
Απέκτησαν μαζί τρία παιδιά: τον Άγγελο Λάτσιο (γενν. 2002), την Λάουρα Λάτσιου (γενν. 2005) και την Βαλέρια Λάτσιου (γενν. 2008). Το ζευγάρι πήρε διαζύγιο το 2010 και λίγο αργότερα, εκείνη ξεκίνησε τη σχέση της με τον επιχειρηματία Μάκη Παντζόπουλο, με τον οποίο παντρεύτηκε το 2015, ενώ την ίδια χρονιά γεννήθηκε η κόρη τους, Μαρίνα Παντζοπούλου η οποία είναι σήμερα οκτώ ετών.
Ο φωτογραφικός φακός, εντόπισε την Ελένη Μενεγάκη με την μικρότερη κόρη της Μαρίνα Παντζοπούλου στο κέντρο της Αθήνας, όπου οι δυο τους περπατούσαν αμέριμνες. H Μαρίνα, κρατούσε αγκαλιά την κούκλα της και φορούσε ένα σορτσάκι, t-shirt και sneakers.
