Με τη συνθήκη του Αγίου Στεφάνου που υπογράφεται στις 3-3-1878, μεταξύ της Ρωσικής και της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας κλείνουν και επίσημα τα θέματα που είχαν ανακύψει με το τέλος του ρωσοτουρκικού πολέμου. Δημιουργείται η αυτόνομη ηγεμονία της Βουλγαρίας όπου περιλαμβάνεται η σημερινή Βουλγαρία, τμήμα της Ανατολικής Θράκης και η περιοχή της Ξάνθης. Λίγους μήνες αργότερα με τη συνθήκη που επικυρώνει το Συνέδριο του Βερολίνου, η Βουλγαρία καθίσταται ανεξάρτητο πριγκιπάτο μέσα στην Οθωμανική Αυτοκρατορία και η Ανατολική Ρωμυλία, επιστρέφει στην οθωμανική διοίκηση υπό ειδικό καθεστώς. Στη συνέχεια με σειρά μεθοδεύσεων, βίαια προσαρτάται στην εξαρχία της Βουλγαρίας. Έτσι οδηγούμαστε στο πρώτο κύμα διωγμών και σφαγών.
Με αφορμή την έναρξη του Μακεδονικού Αγώνα το 1905, η Βουλγαρία εντείνει τους διωγμούς σε βάρος των Βορειοθρακών, με επιθέσεις, σφαγές και απαγορεύσεις. Λαμβάνουν χώρα εκτοπισμοί και αλλά και εκούσιες αποχωρήσεις από τα πατρογονικά χώματα, για λόγους ασφαλείας. Άπαντες οι Θράκες, έχουν υποστεί επί αιώνες την τακτική του παιδομαζώματος, κατά την οποία κάθε ορθόδοξη χριστιανική οικογένεια όφειλε να συμμετέχει στη δημιουργία του στρατού του κράτους, όταν είχε πάνω από ένα αρσενικό μέλος. Στην ηλικία των 6-7 ετών τα παιδιά των Θρακών, εκπαιδεύονταν σε κλειστά μουσουλμανικά ιδρύματα και μέχρι την ηλικία των 12 ετών μετατρέπονταν σε μουσουλμάνους, άριστους και γενναίους πολεμιστές, τους γνωστούς γενίτσαρους, οι οποίοι απαγορεύονταν να παντρευτούν και να δημιουργήσουν οικογένεια. Με αυτόν τον τρόπο οι Οθωμανοί προέβαιναν σε περιορισμό των γεννήσεων, γεγονός που αποτελεί όρο της Γενοκτονίας.
Η περιοχή δυτικά του ποταμού Έβρου πλήττεται από οργανωμένες προσπάθειες αφελληνισμού, θηριωδίες και διωγμούς από την πλευρά των Βουλγάρων και των Τούρκων που εναλλάσσονται στο τιμόνι της. Το ελληνικό στοιχείο καταπιέζεται, φονεύεται, εγκαταλείπει τις εστίες του. Με την επικράτηση των Νεότουρκων το 1908, και την πολιτική καθοδήγηση των Γερμανών Συμμάχων τους, άρχισε πλέον ποικιλοτρόπως, συστηματικά και κατόπιν οργανωμένου σχεδίου και η ολοκληρωτική γενοκτονία των Θρακών του κομματιού που ανήκε στην Τουρκία, η οποία ολοκληρώνεται το 1922. Η έξαρση του εθνικισμού φθάνει στο απόγειό της και η αρχική προσμονή για ισονομία, ισοπολιτεία και δικαιοσύνη ανάμεσα στους οθωμανούς υπηκόους εξαφανίζεται. Οι Νεότουρκοι στοχεύουν στη βίαιη αφομοίωση των μειονοτήτων, με την χρήση κρατικών παρεμβατικών μέσων. Τα προνόμια των κοινοτήτων αίρονται και επιβάλλεται υποχρεωτική στράτευση. Η ύπαιθρος ανατολικά του ποταμού Έβρου ερημώνει…
Πλείστες τακτικές εφαρμόστηκαν προκειμένου να εξαλειφθεί οτιδήποτε ελληνικό, να απελαθούν ή να εκτοπισθούν πληθυσμοί. Η οικονομική ευρωστία που υπήρχε στη Θράκη, καθώς μεγάλο μέρος της οικονομίας είχε συγκεντρωθεί στα χέρια των Ελλήνων, αποτελούσε εμπόδιο στις βλέψεις των ξένων συμφερόντων να διεισδύσουν οικονομικά στην παραπαίουσα Οθωμανική Αυτοκρατορία. Εξάλλου η γεωστρατηγική σημασία της περιοχής και το πλούσιο σε ορυκτά υπέδαφός της αποτελούσαν ιδιαιτέρως δελεαστικά κίνητρα για την οικονομική αυτή διείσδυση. Το σχέδιο στέφθηκε με επιτυχία.
Στις 6 Απριλίου του 1914, στη θλιβερή επέτειο που επικράτησε να αποκαλείται το μαύρο Πάσχα των Θρακών, με την μεγάλη και αναγκαστική μετακίνηση των ελληνικών πληθυσμών προς τις ελεύθερες περιοχές της Ελλάδας, κορυφώθηκε η γενοκτονία του Θρακικού Ελληνισμού, οποία στοίχησε τη ζωή 250.000-300.000 Θρακών και αποτέλεσε την αφετηρία για την εξόντωση στη συνέχεια των Ελλήνων του Πόντου και της Μικράς Ασίας. Με την έναρξη του Α΄ Παγκόσμιου πολέμου η Τουρκία τάσσεται όπως ήταν αναμενόμενο στην πλευρά της Γερμανίας. Γερμανοί στρατιωτικοί υποδεικνύουν την υποχρεωτική στράτευση των Θρακών, μεγάλος μέρος των οποίων χάνουν τη ζωή τους στη φονική μάχη της Καλλίπολης. Κατά τη διάρκεια του πολέμου μεθοδεύεται συστηματικά η μεταφορά των ελληνικών πληθυσμών της περιοχής. Γυναικόπαιδα και άνδρες, μη στρατεύσιμης ηλικίας, εκτοπίζονται για να δημιουργηθούν αμιγώς τουρκικοί πληθυσμοί σε συγκεκριμένες περιοχές της Θράκης. Αναγκαζόταν να μετακινηθούν, χωρίς να έχουν δικαίωμα να μεταφέρουν μαζί τους τρόφιμα ή ρούχα, κατά τους χειμερινούς κυρίως μήνες κάτω από χαμηλές θερμοκρασίες, προκειμένου να καταστεί δυσχερής έως αδύνατη η διαβίωσή τους. Δεν επιτρεπόταν η περίθαλψη ασθενών και η ταφή των νεκρών. Επιβαλλόταν συνθήκες ασιτίας. Οι έχοντες στρατεύσιμη ηλικία Θράκες οδηγούνταν στα περιβόητα Τάγματα Εργασίας, τα Αμελέ Ταμπουρού, στα βάθη της Ασιατικής Τουρκίας, μακριά από τις εμπόλεμες ζώνες. Εργαζόταν κάτω από ακραίες καιρικές συνθήκες, βασανίζονταν και πέθαιναν από ασιτία. Μεγάλο μέρος τους δεν επέστρεψε ποτέ στις εστίες του και όσοι επέστρεψαν μετά το τέλος του πολέμου, βρήκαν τον τόπο τους αλλαγμένο, τα σπίτια τους πουλημένα, τις Εκκλησίες και τα σχολεία κατεστραμμένα. Πολλοί ακολούθησαν το δρόμο της προσφυγιάς, πριν ακόμη επιβληθεί η υποχρεωτική ανταλλαγή πληθυσμών. Η ενιαία και αδιαίρετη Θράκη υπέστη τα πάνδεινα από τους κατακτητές της.
