Το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας υπογράφτηκε στις 17 Μαΐου 1914, μεταξύ της αλβανικής κυβέρνησης, που επικεφαλής της ήταν ο πρίγκιπας Βιντ και του προέδρου της «Αυτόνομης Δημοκρατίας της Βορείου Ηπείρου» Γεωργίου Χρηστάκη-Ζωγράφου. Με την υπογραφή του, τερματίστηκαν οι ένοπλες συγκρούσεις μεταξύ αλβανικής χωροφυλακής-ατάκτων και Βορειοηπειρωτών (Ιερών Λόχων) και αναγνωρίστηκε η αυτονομία της Βορείου Ηπείρου μαζί με μια σειρά δικαιωμάτων για τον τοπικό πληθυσμό.
Οι όροι
O Γεώργιος Χρηστάκης-Ζωγράφος, με σωστούς χειρισμούς συντέλεσε στη διεθνή αναγνώριση του βορειοηπειρωτικού ζητήματος που κατέληξαν στην αυτονομία της περιοχής με την υπογραφή του Πρωτοκόλλου.
Η περιοχή αποκτούσε επίσημα την αυτονομία της, υπό την αιγίδα του πρίγκηπα Βιντ της Αλβανίας, ο οποίος όμως δεν είχε ουσιαστικές αρμοδιότητες. Η αλβανική κυβέρνηση θα είχε το δικαίωμα να διορίζει και να απολύει τους κυβερνήτες και τους ανώτερους υπαλλήλους. Άλλοι όροι της συμφωνίας προέβλεπαν την στρατολόγηση αυτοχθόνων στην χωροφυλακή, την απαγόρευση παραμονής στρατιωτικών μονάδων αποτελούμενων από μη εντόπιους στην περιοχή, παρά μόνο σε περίπτωση πολέμου ή επανάστασης.
Προβλέπονταν επίσης, η διδασκαλία της ελληνικής γλώσσας στα σχολεία, αν και στις τρεις πρώτες τάξεις η αλβανική θα διδάσκονταν παράλληλα με την ελληνική. Η θρησκευτική διδασκαλία, όμως, θα γίνονταν μόνο στα ελληνικά. Οι Μεγάλες Δυνάμεις θα εγγυόνταν για την διατήρηση και την εκτέλεση των παραπάνω μέτρων.
Η θέση της ελληνικής κυβέρνησης
Στις 17 Μαϊου και ενώ ξέσπασε στην κεντρική Αλβανία επανάσταση, η ελληνική κυβέρνηση, που ως τότε δεν είχε αναμειχθεί στις διαπραγματεύσεις, ανέλαβε ουσιαστικό ρόλο. Ο Ελευθέριος Βενιζέλος παρακίνησε τον Ζωγράφο να επικυρώσει όσο το δυνατόν ταχύτερα τους όρους του Πρωτοκόλλου χωρίς να προβάλει επιπλέον αξιώσεις.
Η κυβέρνηση της Β. Ηπείρου αξίωνε να εγκριθούν και να εγγυηθούν για το πρωτόκολλο οι Μεγάλες Δυνάμεις. Τελικά στις 1 Ιουνίου το επικύρωσαν και λίγες μέρες αργότερα η αλβανική κυβέρνηση αποδέχτηκε τελικά την συμφωνία και απέδωσε το επίσημο έγγραφο του πρωτοκόλλου στις 23 Ιουνίου 1914 στην αυτόνομη κυβέρνηση.
Τελική επικύρωση του Πρωτοκόλλου
Η επιμονή του Ε. Βενιζέλου έπεισε τους Βορειοηπειρώτες εκπροσώπους να υποχωρήσουν και να επικυρώσουν το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας, κατά την Πανηπειρωτική Συνδιάσκεψη στο Δέλβινο. Εξαίρεση αποτέλεσαν οι εκπρόσωποι της Χειμάρρας, που επέμεναν υπέρ της ένωσης με την Ελλάδα (Ένωσις ή θάνατος).
Λίγες μέρες αργότερα η αποδοχή της συμφωνίας ανακοινώθηκε στην Διεθνή Επιτροπή Ελέγχου. Όμως, προτού τεθεί το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας σε εφαρμογή, κηρύχθηκε ο Α΄ Παγκόσμιος Πόλεμος. Παρόλο που το Πρωτόκολλο της Κέρκυρας δεν αναιρέθηκε ποτέ από κάποια μεταγενέστερη συνθήκη, μετά τον Α’ Παγκόσμιο Πόλεμο, δεν εφαρμόστηκε ποτέ.
