Αρχαιολογικός χώρος κηρύχθηκε ολόκληρη η Μακρόνησος σύμφωνα με ομόφωνη γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, ύστερα από πρόταση της Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων.
Η Μακρόνησος, προστατεύεται από την ελληνική πολιτεία ήδη από το 1989, όταν κηρύχθηκε εξ ολοκλήρου ως ιστορικός τόπος, ενώ τα κατάλοιπα των στρατοπέδων του νησιού κηρύχθηκαν αυτομάτως ως διατηρητέα κτήρια. Επιπροσθέτως, για την προστασία των καταλοίπων της σύγχρονης ιστορίας θεσμοθετήθηκαν από το 1995 ειδικές χρήσεις γης.
