Στις 26 Σεπτεμβρίου 1989 ο Παύλος Μπακογιάννης «έπεσε» δολοφονημένος από τις σφαίρες της τρομοκρατικής οργάνωσης 17Ν.
Για την επέτειο της δολοφονίας του ο πρόεδρος της Βουλής, Κώστας Τασούλας, άφησε μια ανθοδέσμη στο έδρανο όπου καθόταν.
Σύμφωνα με την ανακοίνωση που εξέδωσε ο Βουλή: «Ο Παύλος Μπακογιάννης δολοφονήθηκε στα 54 χρόνια του έχοντας διαγράψει μια λαμπρή πορεία ως πολιτικός και δημοσιογράφος με έντονη αντιδικτατορική δράση από τη θέση του διευθυντή του ελληνικού προγράμματος της Βαυαρικής Ραδιοφωνίας όπου εργαζόταν όταν κηρύχθηκε το στρατιωτικό πραξικόπημα. Η κοινοβουλευτική του θητεία ταυτίσθηκε με τη φροντίδα του για το πρότυπο αναπτυξιακό πρόγραμμα της Ευρυτανίας και για τη συμβολή του στην επικράτηση όρων και συνθηκών εθνικής συμφιλίωσης στον δημόσιο βίο».
