Η Κατερίνα Παπουτσάκη έχει αποκτήσει με το σύζυγό της Παναγιώτη Πιλαφά δυο παιδιά, τον Μάξιμο και τον Κίμωνα.
Η ηθοποιός έδωσε μια συνέντευξη στην εκπομπή «Πρωίαν σε είδον τη μεσημβρίαν» και μίλησε για την οικογένειά της, τον ερχομό του δεύτερου παιδιού της καθώς και στη σχέση που έχει με τον αδερφό της Γιάννη.
«Ποτέ δεν θα είναι η ώρα για να γεννήσεις ένα παιδί. Σε καμία περίπτωση. Είναι μία επιλογή άσχετα από αυτό. Είναι μία υπαρξιακή ανάγκη. Στη δική μου περίπτωση ήρθε μόνο του, δεν το καλέσαμε. Ευτυχώς που ήρθε βέβαια. Θυμάσαι που έλεγα ότι εγώ δεν ήθελα με τίποτα. Είναι μαγικός ο συνδυασμός. Είναι πολύ αγαπημένοι» είπε η ηθοποιός, στον Φώτη Σεργουλόπουλο.
Για τον αδελφό της, η Κατερίνα Παπουτσάκη είπε: «Είναι πέντε χρόνια μικρότερος. Θεωρούσα για τον εαυτό μου ότι είμαι Παναγία αλλά ανακαλώ σε κάποιες φάσεις για τα βασανιστήρια που έκανα στον αδελφό μου. Έπαθε από μένα! Τον κυνηγούσα και τον τρόμαζα. Ηδονιζόμουν από την εξουσία που ένιωθα».